幽门螺杆菌导致的疾病特征包括胃部的炎症，胃酸产生的改变和组织的破坏。这些病理的变化可能是多种因素。

幽门螺杆菌能产生一种酸抑制蛋白可封闭胃酸的产生；其产生的大量尿素酶有助于分解食物中的尿素产生氨，而产生的氨可包绕细菌本身，从而与具有杀菌作用的酸性胃液隔绝，并中和胃酸，形成碱性微环境，缓解局部胃酸的杀菌作用。

局部组织的损伤与尿素酶的代谢产物、黏液酶、磷脂酶及空泡毒素的活性有关，毒素与脂多糖可导致黏膜细胞的损伤，尿素酶分解尿素产生的氨也可直接破坏细胞。而炎症反应则是空泡毒素，尿素酶和细菌脂多糖共同刺激的结果。

此外幽门螺杆菌的感染可刺激机体产生白细胞介素-8、血小板活化因子，再引起胃酸的大量分泌以及造成胃上皮细胞程序性死亡。