原虫可通过表膜的渗透或经胞口以吞饮方式摄取营养。在肝细胞内寄生的红细胞外期疟原虫，以肝细胞的胞质为营养。

1、葡萄糖代谢：红细胞内期疟原虫的糖原储存很少，葡萄糖是疟原虫红细胞内期主要的能量来源。

疟原虫的寄生使红细胞膜发生变化，增强了葡萄糖通过膜的主动转运，或者除去某些抑制转运的因子，从而使疟原虫可源源不断地从宿主的血浆获得葡萄糖以供代谢之用葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G-6-PD)是磷酸戊糖途径的限速酶，受染疟原虫的红细胞内G-6-PD缺乏时影响疟原虫分解葡萄糖，导致虫体发育障碍。

缺乏G-6-P的病人对恶性疟原虫有选择抗性是否与此有关尚待进一步研究。

2、蛋白质代谢：疟原虫获得的游离氨基酸主要是来自红细胞内的血红蛋白的水解产物及来自宿主的血浆和红细胞内的氨基酸及有机物碳。

血红蛋白从疟原虫胞口被存入，由胞基部长出食物泡，胞口孔被膜封闭。血红蛋白被食物泡内的酸性肽链内切酶和氨基肽酶的协同作用消化分解为珠蛋白和血红素。

珠蛋白在酶的作用下再分解为几种氨基酸以供合成虫体本身的蛋白质。血红素最后形成一种复合物即疟色素。

疟色素不被溶解和吸收而留在食物泡的壁在红细胞内裂体增殖过程中，疟色素逐渐融合成团，随着裂体增殖完成后被排入血流。

3、核酸代谢：疟原虫没有从头合成嘌呤的途径，仅依靠一个补救途径直接利用现成的嘌呤碱或嘌呤核苷酸。

参与嘌呤补救途径的酶包括腺嘌呤磷酸核糖转移酶次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖转移酶和腺苷激酶与嘌呤正好相反，疟原虫能从头合成嘧啶核苷酸。

在疟原虫的多种生物合成途径中，对氨基苯甲酸(PABA)、四氢叶酸(THF)等都是很重要的辅助因子。

如果宿主的食物中缺乏PABA，则影响THF的生成，其体内寄生的疟原虫的生长繁殖发生障碍，感染因而被抑制。

4、脂类代谢：疟原虫无脂类储存，也不能合成脂肪酸与胆固醇，完全依赖于宿主提供如从宿主血浆中获得游离脂肪酸和胆固醇，胆固醇对维持疟原虫及受染细胞的膜的完整性都具有重要作用。

红细胞内疟原虫所需的脂类可由摄入的葡萄糖代谢的产物组成，其中主要为磷脂磷脂增多与疟原虫膜的合成有关。