人芽囊原虫由Brumpt在1921年首次描述命名，并将其归属于寄生在人类肠道内的酵母类。

1967年Zerdt根据其超微结构等方面的特点而将其归为原虫类，并且指出其为引起人类腹泻的病原之一。1993年江静波等将其归入芽囊原虫亚门。

1、形态：人芽囊原虫形态多样，在体外培养时可见空泡型、颗粒型、阿米巴型、复分裂型、包囊型。光镜下碘染空泡型虫体呈圆形或卵圆形，直径为6-40μm之间不等多为4-15μm虫体中央有一透亮的空泡，核呈月牙形或块状，数目1-4个不等。

颗粒型由空泡型发育而成，虫体中心内充满圆形颗粒状物质，只有在培养基中血清含量高时可见此型。阿米巴型外形多变，有伪足突起虫体可作缓慢移动，胞质中含细菌或颗粒状物质。复分裂型虫体含多个核，核与核之间有胞质相连。

2、生活史：人芽囊原虫可行伪足运动行二分裂和孢子增殖，富含空泡，呈厌氧代谢可摄取细菌和其他微生物。

该虫主要寄生在人体的回盲部，在成形的人粪中典型形态为空泡型虫体，大小为6-40μm空泡中常含有碳水化合物和脂肪而在腹泻水样便中存在阿米巴型虫体一般认为包囊是感染期，呈圆形或卵圆形直径2-5μm，囊壁厚约5-100μm。

研究发现有薄壁包囊和厚壁包囊之分，薄壁包囊可以在肠腔内增殖，造成自体感染而厚壁包囊则与肛口传播的肠外途径有关。致病期为阿米巴型虫体，但生活史的详尽过程尚未明了。