屎肠球菌是肠球菌属的一种，与粪肠球菌都属于肠球菌属，粪肠球菌相对来说毒力强，耐药率低。但屎肠球菌正好相反，是属于毒力较弱，但是耐药性较高。所以临床上，对于屎肠球菌感染的治疗，更多的是要基于细菌的药敏结果。

对于屎肠球菌不耐药的情况下，主要是选择青霉素类抗菌药。

首选的是氨苄西林，其次也可以选择阿莫西林、青霉素以及哌拉西林等。然后还可以选择氨基糖苷类，如庆大霉素。屎肠球菌的治疗，很多时候需要进行联合治疗，比如青霉素类，联合氨基糖苷类进行治疗。对于绝大多数情况下，屎肠球菌是耐药的形式出现，这时主要选择万古霉素、替考拉宁等抗菌药，此外还可以选择利奈唑胺、达托霉素、替加环素、夫西地酸、磷霉素等。