二期梅毒如果经过规范的治疗，治愈率大约在80%—90%。治疗失败的原因主要考虑有以下几个方面：第一、没有足量、足疗程的治疗。二期梅毒需要长效青霉素240万单位，每周一次，连续肌注三周。但是由于长效青霉素是一个油性的制剂，推注是比较困难的，所以有技术不过关的操作者可能不能把药物全部的打进去，或者患者有的只接受了一周或两周的治疗，这显然都是不够的，这样可能会造成治疗的失败。第二、性伴双方没有同时检查治疗。有的患者感染梅毒以后非常羞于启齿，没有把患病的情况告诉性伴侣导致性伴可能患病了，但是没有治疗，而且两个人在治疗期间仍旧有性生活，可能导致再次感染。因为青霉素它只有治疗作用，并没有预防作用，所以在治疗期间它也会反复的感染，因此在患病以后一定要性伴双方同时检查治疗，避免治疗失败。第三、患者可能合并其它的疾病。最常见的就是艾滋病，由于患者免疫力低下，导致对治疗反应不佳，重试治疗失败。但有些患者没有艾滋病，但是经常的熬夜、喝酒、抽烟、过度疲劳也会导致自身免疫力的下降，使治疗反应不好。第四、患者可能会患有神经梅毒，而没有采用神经梅毒的治疗。二期梅毒有一些患者，它是可以出现神经梅毒的，但是普通的长效青霉素没有办法治疗神经梅毒，它不能透过血脑屏障，这个时候脑脊液中的螺旋体是无法清除的，所以导致血清学是不能够转阴的。