因胰腺部位特殊，较少进行活检，一般仅采取胰腺穿刺以明确肿瘤性质。对于内分泌肿瘤等胰腺疾病的病理诊断一般要求较高，并且由于其穿刺获得组织较少，除细胞学检查外，还需行组织学检查。 此外，胰腺手术易造成胰瘘的发生，穿刺时获取的组织较少，首先选择活检检查，若无法活检，则进行细胞涂片，根据细胞形态进行初步判断，必要时再手术证实。

临床进行免疫组化复染，可获得更清晰的细胞轮廓，从而有助于疾病的诊断。免疫组化复染是指进行常规免疫组化染色之后，无需时间间隔，直接使用苏木素进行再次复染，然后使用中性树胶封片。免疫组化复染实际是对细胞核进行复染，复染的细胞核类似于对照物，有利于获得更清晰的细胞轮廓，从而有助于疾病的进一步明确诊断。如果免疫组化不进行复染，则无法获得相对清晰的整个细胞结构，从而不利于诊断。

一般而言，乳腺癌患者ER、PR、HER2均为阴性，则其治疗效果相对较差。然而HER2阳性的恶性程度虽然较高，但因其可使用赫赛汀等药物进行治疗，所以HER2阳性并不能代表乳腺癌预后较差。 因此，临床无法单纯的来判断到底是乳腺癌免疫组化阴性较好还是阳性较好，应根据患者具体病情具体分析，还可根据肿瘤类型进行判断。

病理切片标本是经过取材、包埋、切片等，制作的一张由中性树胶盖片遮盖的HE玻片，无需特殊保存条件，一般玻片柜内室温保存即可。病理切片作为患者档案，一般需保存30年，若患者借片外出会诊，也无需特殊条件保存切片，避免打碎即可。其中，会诊为医师之间的交流，可将患者病情报告提前告知会诊单位使其作为参考，若会诊单位给出不同结论，则应及时互相交流以明确疾病诊断。

病理活检主要目的是诊断患者是否患有肿瘤及肿瘤的良恶性，可通过镜下观察是否有肿瘤性坏死、细胞异型性明显、浸润性生长等进行判断，必要时可联合免疫组化检查进行综合判断。此外，肿瘤性质还可通过患者年龄、肿瘤生长速度、肿瘤大小、肿瘤是否有包膜进行判断。临床中，切片化验亦可用于患者胃部不适、胃溃疡的诊断，可通过此项检查，确诊溃疡的性质，以及是否为早期胃癌的发生。

免疫组化染色，是应用免疫学中抗原与抗体特异性结合的反应原理，一般采取生物素标记抗体以显示组织内抗原的方法，对抗原进行定位、定性及相对定量的研究。临床根据HE切片的情况，选择是否加做免疫组化。较为典型不需检查即可明确的情况下，无需加做免疫组化。无法明确诊断的情况，则需加做免疫组化进一步证实肿瘤类型，避免影响患者的治疗。

一般情况下，三甲医院要求门诊患者病理切片检查的时间为3个工作日，而住院患者为5个工作日。临床中，如无需行免疫组化检查则1-2个工作日即可完成检查，但若结果呈现后仍无法确诊，需加入其他检查，时间则相应延长为5个工作日，甚至7个工作日。病理切片检查的流程一般为确保患者基本信息正确后进行取材、信息录入、病理脱水、包埋、切片、常规染色、封片，而后交由取材医师根据镜下特点出具分析报告。

免疫组化的目的主要为进一步判断病变是否为癌症，并非代表一定为癌症。例如宫颈疾病常进行p16检测，在与萎缩性或非典型划分病变不易区别时，若p16显示强阳性则提示病变可能为高级别的上皮内瘤变或癌。免疫组化一般是用于判断组织来源，而并非完全判断肿瘤性质，可通过HE染色判断。免疫组化有时可助于判断肿瘤性质，如p53、KI-67等，正常组织无p53表达，而KI-67检测，可根据其增殖指数进行分析。