哈尔滨医科大学附属第二医院分为六个病区。
一、眼科一病房
眼科一病房现有二级教授1名、教授5名，博士生导师3名、硕士生导师4名；享受国务院特贴1名，省高端人才C类1名、D类2名，龙江名医2名，哈医大星联杰出教授1名；主持国家自然科学基金9项，省重点研发和重点项目3项；获省政府科技进步一等奖1项（我省零的突破），二等奖4项，SCI文章52篇。主编或副主编全国统编规划教材3部、全国眼科教学查房大赛获年度第一名。
青光眼专科为院一流专科，是全国青光眼学组委员、中国女医师和微循环专委会青光眼学组副组长和东北四省区青光眼专科联盟主席单位；为东北地区青光眼规范化诊治培训基地；建立了青光眼早期防治的北方区域模式，为亚太眼流行病协作组成员单位。开展了多种微创青光眼和联合手术，提出根据房角关闭机制等个性化治疗理念；建立了随访档案，实现了全程管理，有效保护了患者视功能。
白内障专科率先开展微小切口超声乳化白内障手术及功能型人工晶体植入的屈光白内障手术。斜视与小儿眼病专业为省斜视与小儿眼病学组组长单位，开展各种疑难及复杂斜视的微创手术治疗，达到并发症少，正位率高的疗效。
眼眶眼整形亚专科开展了内窥镜下微创眼眶和视神经管减压手术，内窥镜下辅助眼眶深部肿瘤摘除手术，实现对甲状腺相关眼病、鼻颅眶相关肿瘤等复杂疾病的多学科协同诊治。对泪器疾病微创治疗的常规化操作和眼睑整形也具特色。
二、眼科二病房
哈医大二院眼科建立于1954年。在几代知名眼科专家景崇德教授、汪宝麟教授、吕世荣教授、原慧萍教授等的先后带领下，哈医大二院眼科成为全国知名的眼科中心之一，是黑龙江省级重点学科，2009年获批卫生部医师规范化培训基地，2012年获批国家临床重点专科建设项目，2017年青光眼专科获院重点建设的一流专科，2018年牵头成立东北四省青光眼联盟，2020年获批国家眼部疾病临床医学研究中心黑龙江省分中心，同年牵头成立黑龙江省眼底病联盟，2022年获批糖尿病视网膜病变临床及研究中心。
今天的哈医大二院眼科专家队伍力量雄厚，在眼科主任、学科带头人、教研室主任孙大卫教授的带领下，医疗、教学、科研及学术水平续写辉煌。医疗团队中有34名教师，其中教授16位、副教授8位；博士研究生导师10位，19位硕士研究生导师。负责普通本科、临床5+3、研究生、留学生的理论与临床教学工作。哈医大二院眼科临床工作涵盖十个亚专科，包括青光眼、眼底病、白内障、角膜及眼表病、眼整形与眼眶病、眼外伤、斜视与小儿眼病、葡萄膜炎、眼视光、医学验光。
眼科包括：眼科门诊、眼科病房、眼科中心手术室、眼科屈光中心、眼科影像诊疗中心、玻璃体腔注药中心、眼科假体中心等七个部门。眼科技术部门齐全，专业设备完善。2020-2022连续三年在《复旦大学医院排行榜全国专科声誉排行榜》的眼科专科中受提名医院（全国前20名），是东北地区唯一的提名医院，其中2021和2022年东北地区眼科专业排名第一。
眼科二病房专家队伍擅长治疗疑难性眼底疾病、复杂白内障等亚专科方向，涵盖玻璃体视网膜病、脉络膜疾病、眼外伤、小儿眼底病、角膜病、青光眼、斜视、眼眶病、眼肿瘤等方向。眼科二病房是黑龙江省眼底病的组长单位，在孙大卫主任的带领下，眼底病的门诊和手术量在东北地区名列前茅，同时还承担了大量省内疑难眼底病的会诊和治疗的工作。是省内唯一开展小儿眼底病治疗的单位，率先开展小儿眼底病筛查、注药、激光和手术等临床工作，也是科室唯一开展常规进行角膜移植的病房。
2020年孙大卫主任牵头成立黑龙江省眼底病联盟并担任主席单位；2022年获批糖尿病视网膜病变临床及研究中心。每年定期开展的“黑龙江省眼底病玻切学习班”和“基层医生眼底病培训”为我省眼底病发展注入了活力。眼科二病房专家共主持国家自然科学基金项目10项，主持荣获省政府二等奖4项，发表SCI文章80余篇；专家队伍中拥有伍连德班（本硕博连读）导师1名，博士研究生导师4名，硕士研究生导师9名，多年来培养的眼科研究生遍布全国各地，为国家和东北地区的眼科学事业贡献力量。
三、眼科三病房
哈医大二院眼科建立于1954年。在几代知名眼科专家景崇德教授、汪宝麟教授、吕世荣教授、原慧萍教授等的先后带领下，哈医大二院眼科成为全国知名的眼科中心之一，是黑龙江省级重点学科，2009年获批卫生部医师规范化培训基地，2012年获批国家临床重点专科建设项目，2017年青光眼专科获院重点建设的一流专科，2018年牵头成立东北四省青光眼联盟，2020年获批国家眼部疾病临床医学研究中心黑龙江省分中心，同年牵头成立黑龙江省眼底病联盟，2022获批糖尿病视网膜病变临床及研究中心。
今天的哈医大二院眼科专家队伍力量雄厚，在眼科主任、学科带头人、教研室主任孙大卫教授的带领下，医疗、教学、科研及学术水平续写辉煌。医疗团队中有34名教师，其中教授16位、副教授8位；博士研究生导师10位，19位硕士研究生导师。负责普通本科、临床5+3、研究生、留学生的理论与临床教学工作。哈医大二院眼科临床工作涵盖十个个亚专科，包括青光眼、眼底病、白内障、角膜及眼表病、眼整形与眼眶病、眼外伤、斜视与小儿眼病、葡萄膜炎、眼视光、医学验光。
眼科包括：眼科门诊、眼科病房、眼科中心手术室、眼科屈光中心、眼科影像诊疗中心、玻璃体腔注药中心、眼科假体中心等七个部门。眼科技术部门齐全，专业设备完善。2020-2022连续三年在《复旦大学医院排行榜全国专科声誉排行榜》的眼科专科中受提名医院（全国前20名），是东北地区唯一的提名医院，其中2021和2022年东北地区眼科专业排名第一。
眼科三病房拥有国内领先的眼底病、白内障和青光眼诊疗技术，尤其在眼底病和白内障领域拥有国内一线技术水平，特别在复杂眼底病、葡萄膜炎和眼外伤专业具有独到见解和经验。以王绍伟主任带头的所有科室医生均能独立完成四级手术，也为整个二院眼科的诊疗贡献了重要的力量。有长期稳定的科研方向，主持国家级、省级和厅级课题共6项；黑龙江省和哈尔滨医科大学医疗新技术一等奖4项、二等奖2项；第一作者发表SCI文章10余篇。教学有特色，成果较突出，培养的博士和硕士研究生遍布全国各地，且研究生毕业即具备临床住院医师水平，在自己的工作岗位上发挥了重要的作用。
四、屈光手术一门诊
哈尔滨医科大学附属二院眼科屈光手术一门诊创立于2001年，是黑龙江省最早开展屈光手术的医疗单位之一。目前有主任医师两人、硕士研究生学历技师两人、主管护师4人。本专科已经发展成为集医疗、教学、科研为一体的专业屈光手术及视光学部门。在李颖教授带领下，2010年在省内率先开展波前像差引导的个性化角膜屈光手术，2014年在省内率先开展眼内镜（ICL）植入手术，2017年在省内率先开展圆锥角膜的胶原交联手术，2018在省内率先开展全飞秒激光手术及透镜移植矫治中高度远视、透镜移植治疗角膜混浊及角膜溃疡；角膜变性、混浊的角膜屈光性切削手术等。2023年在省内率先开展OCT导航引导下的ICL植入手术。2024年在省内率先开展LBV个性化定制老视矫正手术。
本科室年门诊量近10000人次，目前已成功治疗近视、散光和远视等屈光不正近10万余例。科室主持省级课题6项，发表SCI文章多篇。参编国家“十三五”研究生规划教材《眼科学》，荣获黑龙江省卫生医疗新技术应用二等奖二项，哈尔滨医科大学新技术应用二等奖二项。科室人员于2018年赴俄罗斯圣彼得堡国立大学访问。眼科屈光手术一门诊是EVOICL区域培训单位、黑龙江省医师协会近视防治专委会主任委员单位，黑龙江省青少年学习与发展学会眼健康专委会主任委员单位，黑龙江省医促会近视专委会副主任委员单位。
科室现拥有国内外最先进的检查和治疗设备，包括飞秒激光全平台VisuMax3.0手术系统、准分子激光Mel90治疗系统、三维眼前节测量评估系统(OCULUSPentacam)、可视化角膜生物力学分析仪(CorvisST)、CLARUS500真彩高清超广角眼底相机、眼部超声生物显微镜（UBM）检查设备等。
五、屈光手术二门诊
哈尔滨医科大学附属二院眼科是国家级临床重点专科，黑龙江省重点学科，眼科学博士培养点。屈光手术门诊创立于2001年，是黑龙江省最早开展屈光手术的医疗单位之一，年门诊量上万人次。现拥有国内外最先进的检查和治疗设备，包括飞秒激光全平台手术系统、准分子激光治疗系统、三维眼前节测量评估系统、可视化角膜生物力学分析仪、波前像差检查分析系统、眼前节照相系统、全自动综合验光系统、全自动非接触眼压计，以及眼部A超角膜曲率测量仪等最先进的手术平台和检查设备。
屈光手术二门诊集医疗、教学、科研为一体，是目前黑龙江省内唯一一个拥有眼视光专业博士培养资质的医疗团队。医疗技术力量强大，临床及科研实力雄厚，团队由经验丰富的主任医师/博士研究生导师、主治医师、主管护师，及青年博士和硕士组成，近年来主持及参研的国家级课题6项，省级课题4项，市级课题1项，参编人民卫生出版社人教版教材1部，培养博士研究生3名，硕士研究生11名。科室与加拿大多伦多大学、复旦大学附属眼耳鼻喉医院、汕头大学香港中文大学联合汕头眼科中心，哈尔滨工业大学有长期科研和临床交流与合作。
屈光手术二门诊主要开展各种屈光不正矫正手术，包括：飞秒激光小切口基质透镜取出术（全飞秒手术，SMILE）、飞秒激光辅助的准分子激光原位角膜磨镶术（半飞秒手术，FS-LASIK）、表层准分子激光手术、术中OCT系统导航下精准ICL/TICL植入手术等，同时开展圆锥角膜治疗，角膜基质透镜移植、疑难近视、远视、散光的验配，角膜塑形镜验配，老视治疗和青少年近视防控等。
“木直中绳，博学载医”，哈尔滨医科大学附属第二医院眼科屈光手术二门诊始终秉承校训，以学科建设为根本，突出专科医疗特色，发挥团队特长，不断努力奋进，以精湛的医疗技术为广大患者带来优质的医疗服务和就医体验。
六、眼科影像中心
哈尔滨医科大学附属第二医院眼科影像诊疗中心创立于1993年，前身为眼科功能室，2007年更名为眼科辅助检查中心，2023年11月正式挂牌“眼科影像诊疗中心”，是黑龙江省最早开展青光眼视乳头地形图扫描仪（HRT）和视野计检查的功能影像检查科室。眼科影像诊疗中心经过多年发展建设，目前在设备配备、医疗服务、人才培养等多方面已达到国内前列，是集眼科检查、影像会诊、激光治疗、教学科研于一体的诊疗中心。
中心位于门诊四楼F区，拥有较先进完备的眼前、后节形态和功能检查设备与激光治疗设备，包括数码裂隙灯眼前段照相仪、干眼分析仪、角膜地形图仪、角膜共聚焦显微镜、角膜内皮细胞计数仪、超声生物显微镜（UBM）、生物测量仪、眼前段光学相干断层扫描仪（AS-OCT）、光学相干断层扫描仪（OCT）、光学相干断层扫描血管成像仪（OCTA）、立体眼底照相机、眼底广角扫描激光成像系统（SLO）、眼用A/B超仪、Humphrey视野计、电生理仪，YAG/SLT眼前节激光治疗仪和多波长眼底激光治疗仪。
中心由经过专业训练和考核的医生、技术员和护理团队开展具有眼科特色的眼部结构、功能检查和结果分析。中心目前有拥有博士学历的副主任医师2名、硕士学历专业技术人员2名，本科学历护士2名。每年完成8万余人次的各类检查与影像诊断、5千余次前后节激光治疗，糖尿病视网膜病变、视网膜静脉阻塞和视网膜裂孔等的视网膜光凝治疗与后发性白内障、青光眼的YAG/SLT激光治疗是中心的特色治疗项目，参与拟定《黑龙江省眼底病影像诊疗标准共识》和《黑龙江省青光眼激光治疗标准共识》，参与20余项多中心临床实验，科室人员参与编撰相关检查专著5部。
