新生儿败血症可分为两种类型，早发型败血症和晚发型败血症病因不同，但均由细菌或真菌感染所致。
一、主要病因
1、早发型败血症大多系母体病原垂直传播(产前或产时感染)：
（1）早产和低出生体重儿：早产和低出生体重儿是早发型败血症最重要的危险因素，胎龄越小，出生体重越低，则风险越大。
（2）胎膜早破≥18小时：胎膜早破常伴随着早产，79%的早发型败血症患儿母亲有胎膜早破≥18小时的病史。若羊膜腔内检出B群链球菌，则早发型败血症发生概率为20%，若伴发胎膜早破，且母亲产时未预防性使用抗菌药物，则早发型败血症发生概率上升至33%~50%。
（3）羊膜腔内感染：羊膜腔内感染包括羊水、胎盘、绒毛膜的感染，临床上主要指绒毛膜羊膜炎，患与不患绒毛膜羊膜炎的母亲，发生早发型败血症概率相差4.5倍。绒毛膜羊膜炎最主要的临床表现是母亲发热，临床通常以母亲体温＞38℃为基本诊断条件，同时具备以下条件中的两项即可诊断，包括母亲白细胞计数升高；母亲心率＞100次/分；胎儿心动过速＞160次/分；母亲子宫触痛、羊水浑浊或发臭。
2、晚发型败血症主要为院内感染或社区获得性感染：
（1）早产和低出生体重儿：早产和低出生体重儿与早发型败血症相似，该因素是晚发型败血症的首要危险因素。出生胎龄小于28周的早产儿发病率超过1/3，超低出生体重儿中发生率为30%~40%，胎龄越小，体重越低，住院时间越长，则发病率越高。
（2）有创诊疗措施：机械通气、中心静脉置管、脐动脉或静脉置管以及肠外营养等，均是晚发型败血症的危险因素。
（3）不合理使用抗菌药物：延长经验性使用抗菌药物的疗程是晚发型败血症的高危因素。
（4）不恰当的新生儿处理：在欠发达地区，有不洁处理脐带、挑“马牙”、挤乳房、挤痈疖等不当的新生儿处理，都是晚发型败血症的重要高危因素。
二、诱发因素
1、新生儿抵抗力低，尤其是早产儿及低出生体重儿。
2、生后有创操作多、住院时间长的新生儿易发生败血症。