一般如果乳腺囊肿是非常明确的是囊性的结节，100%是良性问题，也不需要特殊的临床处理，只需要观察就可以了，不需要进行手术。有一些特殊类型的囊肿就需要进一步的临床诊断，比如囊肿特别大、囊肿内部的液体压力很高、张力较大、囊肿很硬，说明囊肿的内壁细胞可能分泌的液体比较多或者囊壁上可能有一些增殖的细胞，因此囊肿很大的会建议用细针将囊肿内的液体抽出，然后进行细胞学的诊断。
如果囊肿是散在的，就是很多地方都有，但是每个囊肿之间间隔的距离很远，是散在的发生，一般是良性问题。如果囊肿集中在很小的区域里，有多发的、泡状的、密集的囊肿，可能并不是囊肿，其实是导管内的多发肿物，就需要取活检才能明确性质。