乳腺增生引起的疼痛产生的原因和乳腺腺体组织受到来自于卵巢的雌孕激素影响有关系，雌孕激素会作用于乳腺的腺体，使导管上皮增殖和间质增厚。宏观上就是乳腺的腺体充血、水肿、变厚、变硬，在腺体内穿行的神经就会受到压迫和牵拉，敏感的人就会感觉到疼痛。
这种疼痛因为是一种内脏痛，因此没有办法准确的定位，经常的疼起来是一大片或者会放射向乳腺的周边，比如腋下、胸侧部，甚至后背，因此腋窝疼其实还是乳腺疼的一种。