由于甲状舌骨囊肿是软组织囊肿，因此应该遵循囊肿治疗的基本原则，以手术的方式进行切除。并且由于囊肿具有甲状腺的腺体性质，因此应该手术应该切除干净，防止残留组织造成囊肿的复发。
一、药物治疗
此病一般无需药物治疗。
二、手术治疗
1、适应证：经确诊后如无急性炎症即可手术。但年龄尚小又无症状者，可不急于手术，或待成年后再手术。如有症状可在两岁以后手术。囊肿感染形成脓肿时，应先切开引流，待急性炎症消除，一般在2~3个月后，形成经久不愈的瘘管时，再施行手术。
2、手术原则：一般选用全身麻醉，彻底切除囊肿或瘘管和一段舌骨中份，才能达到防止复发的目的。
三、其他治疗
若患者无法耐受手术，可行硬化疗法，即经皮乙醇注射，但容易复发。