马尔尼菲青霉病是可以治疗的，只要早发现、早诊断、早治疗，药量足，疗程长，完全可以治愈。但由于发病隐匿，早期不为患者重视，极易误诊而延误治疗，致使病情危重而威胁生命。
一、药物治疗
1、两性霉素B静脉滴注，小剂量开始，逐渐加量。
2、氟胞嘧啶口服，易吸收、易耐药，与两性霉素B合用有协同作用，肾功不全者慎用。
3、唑类药物，如咪康唑、酮康唑、伊曲康唑等均有疗效。其中酮康唑、伊曲康唑被推荐作为治疗轻中度马尔尼菲青霉病的首选药物。
4、免疫增强剂，感染PM患者多为免疫功能低下人群，治疗中、后期可以应用免疫增强剂以提高患者机体免疫力。
二、手术治疗
该病一般无需手术治疗。