消化性溃疡由损害因素与防御因素间平衡失调所致，损害因素包括幽门螺杆菌感染、胃酸和胃蛋白酶的作用、非甾体抗炎药、应激等。防御因素包括胃黏液、黏膜屏障、黏膜血流量、前列腺素和表皮生长因子等。
一、主要病因
1、损害因素：非甾体类抗炎药在消化性溃疡发病中起重要作用，其多为弱有机酸，抑制环氧合酶，使花生四烯酸合成的前列腺素减少。前列腺素保护消化道黏膜，减轻酒精、胆盐、酸、高渗和高温液体的损伤。前列腺素增加碳酸氢盐和黏液的分泌，增加消化道黏膜的血流量，加速细胞增殖，刺激离子转运，增加ATP和黏膜表面活性磷脂的生成，保持溶酶体和细胞膜的稳定，其中维持消化道黏膜血流量最重要。
2、防御因素：幽门螺杆菌感染后，十二指肠黏膜上皮发生胃腺化生，80％患者合成黏液和碳酸氢盐减少，使黏膜对胃酸和胃蛋白酶的保护屏障削弱，根除幽门螺杆菌后碳酸氢盐合成恢复。胃酸分泌量增高的十二指肠溃疡患者中，幽门螺杆菌引起的胃和十二指肠黏膜炎症呈轻度或中度；而在胃溃疡患者中，幽门螺杆菌引起的胃黏膜炎症常呈重度，并与萎缩性胃炎甚至胃癌的发生相关。
3、其他因素：包括胃排空异常、遗传因素、精神心理因素及伴其他系统慢性疾病等，吸烟不利于消化性溃疡的愈合，食物和饮料的物理性(过热、粗糙等)或化学性(过酸、辛辣、酒精等)刺激亦可损害黏膜屏障。非幽门螺杆菌感染、非甾体类抗炎药的胃溃疡约占全部患者的4％。
二、诱发因素
1、药物：长期应用非甾体消炎药等，减少前列腺素合成，破坏黏膜保护机制，导致溃疡发生。
2、幽门螺杆菌感染：幽门螺杆菌感染是引发慢性胃窦炎的主要病因，几乎所有十二指肠溃疡均有幽门螺杆菌的慢性胃窦炎存在，而大多数胃溃疡是在慢性胃窦炎的基础上发生的。