肠镜检查目前有普通肠镜和无痛肠镜两种，无痛肠镜是在检查过程中给予患者静脉麻醉药物，使患者在检查过程中全程保持睡眠状态，一般情况下是感觉不到任何不适的。
普通肠镜在镜头进入肛门口时，患者会略感憋胀、不适，在检查过程当中由于肠镜检查需要向肠腔内注气，患者往往会有腹部憋胀的感受。在镜头前进的过程当中结肠有几个生理弯曲，在镜身通过生理弯曲的时候，可能会出现轻微的疼痛。但总体来说，肠镜检查还是比较舒适的，没有特殊的痛苦，大部分患者都可以耐受。