传染病确诊的重要依据除了流行病学史，患者的临床症状、体征以外，关键的金标准是病原学检查。一般来说，病原学检查主要分为针对病原体的直接检查和免疫学检查。
对细菌性病原体，可以通过显微镜镜检或细菌培养等检查，对于病毒可以通过核酸检测或病毒分离培养等手段分离出病原体。免疫学检测就是针对病原体自身的抗原和血液中产生的针对病原体产生的抗体进行检测。