抗组蛋白抗体可以存在于多种结缔组织病当中，本身并没有特异性。抗组蛋白抗体阳性可以见于系统性红斑狼疮、药物性狼疮、类风湿性关节炎、系统性硬化病、原发性干燥综合征、混合性结缔组织病等疾病。此外，某些感染性疾病比如HIV感染、肾脏疾病、神经性疾病等病人血清当中也可出现抗组蛋白抗体阳性。药物性狼疮病人当中抗组蛋白抗体阳性率比较高，如果病人仅仅有抗组蛋白抗体，而不伴有其他的抗核抗体，需要考虑药物性狼疮。抗组蛋白抗体与系统性红斑狼疮的疾病活动性有一定的关系。抗组蛋白抗体阳性的系统性红斑狼疮病人一般会出现血尿、蛋白尿，而很少出现中枢神经系统症状。