结直肠黑变病患者的治疗主要以消除诱因为主，根据患者病史和临床表现给予对症治疗，并防止并发症发生，对已经发生的并发症如肠梗阻，要外科介入及时手术，预后较好，患者治疗周期一般为长期间歇性治疗。
一、一般治疗
1、去除诱因：了解存在的诱因并及时消除，如停服大黄、番泻叶、果导片等蒽醌类泻药。对便秘患者可采取灌肠等其他疗法对症治疗。
2、并发症的治疗：如有溃疡性结肠炎等其他结直肠疾病需要抗炎消肿治疗，可选择糖皮质激素等药物。
二、药物治疗
1、莫沙必利：为消化道促动力剂。主要用于停用泻药后缓解患者功能性消化不良、便秘、腹胀等，不良反应偶有腹泻、口干、腹痛、皮疹、全身无力、头晕、头痛等。
2、乳果糖、复方聚乙二醇散：均为非蒽醌类缓泻剂，可缓解患者便秘症状。
三、手术治疗
1、内镜下肠息肉切除：结肠镜下发现明显的肠息肉时，可行内镜下肠息肉切除术，完整切除息肉并送病理明确性质。
2、直肠内套叠固定术：对于因肠套叠引起长期便秘时，可能需通过直肠内套叠固定术解除套叠的肠管，缓解腹痛、便秘等消化道症状。
四、其他治疗
对于长期的结直肠黑变病，已出现水电、酸碱平衡紊乱、慢性贫血等表现的患者，需予以输血、补液、营养支持等一般治疗，治疗目的为改善患者身体状况。