诊断为多系统萎缩的患者，多数预后不良。从首发症状进展到运动障碍和自主神经系统功能障碍的时间一般为1-10年不等，平均时间为2年。从发病到需要协助行走，平均需要3年，到坐轮椅平均需要5年，到卧床不起平均需要8年，到死亡的平均需要9年。多系统萎缩，对自主神经系统的损害越重，对黑质纹状体系统的损害越轻，患者的预后越差。