流行性角膜结膜炎的治疗原则是抗病毒治疗，应用抗病毒的药物，抑制和杀死腺病毒，同时防止后续并发症如继发性干眼、睑球粘连的产生。为防止继发性干眼可使用人工眼泪，能够在眼角膜结膜表面形成一层保护膜，可以起到保护和润湿作用。
一、药物治疗
1、抗病毒药物：
（1）吗啉双呱(ABOB)：适用于病毒感染症状较重者，必要时配合口服治疗。
（2）1.25%聚维酮(PVP)溶液或0.5%眼膏：适用于结膜角膜炎症浸润后期较重者。　
2、抗生素药物：局部滴抗生素眼液对本病无治疗效果，主要是预防混合细菌感染，因此适用于合并细菌感染较重的患者，常用的药物有庆大霉素、卡那霉素溶液或眼膏。 　　
3、血管收缩药物：充血较重时可采用0.1%肾上腺素用生理盐水稀释，适用于局部眼压较高者，使用后可使眼部充血减轻，症状好转。　
4、其他药物：上皮糜烂较广泛者，尽可能采用刺激症状较轻的眼药水和眼膏点眼，为了保护患者的角膜，减轻角膜结膜混浊和并发症，可采用不含防腐剂的人工泪液、还原型谷胱甘肽或1%硫酸软骨素钠滴眼；口服维生素B2、B6、吲哚美辛或保泰松等。
二、手术治疗
患者眼睛出现真膜或伪膜时，可表面麻醉后用镊子或棉签剥除。角膜上皮下浸润持续不吸收，形成角膜瘢痕，严重影响视觉质量，可考虑准分子激光治疗性角膜浅层切除术。
三、其他治疗
冷敷：可暂时缓解流行性角膜结膜炎的相关症状。