在肉芽肿乳腺炎整个过程中，每个人经历的阶段范围、严重程度因人而异，有的人可能只是肿块型，而且肿块很小，渐渐随着时间的延长，炎症吸收，可以完全消失，皮肤也没有损伤。有的人红肿区域会很大，后期发生的溃疡、破溃、窦道也会很严重，乳房甚至会毁形。肉芽肿乳腺炎多数包括包块期和窦道期，具体如下：
1、包块期：大量的炎性因子释放可以引起乳房里的一个腺叶，甚至多个腺叶迅速充血和水肿，造成炎性细胞浸润，早期会在乳房里能摸到很大的包块；
2、窦道期：随着炎性反应的继续，一部分的腺体发生肉芽肿性的坏死，坏死呈现多灶性。一部分坏死物会逐渐穿透到脂肪层和皮肤，在皮肤上形成破溃，就是乳腺炎的第二个阶段，即红肿、溃疡、破溃期。再继续进展，破溃的地方会形成窦道，不断的有坏死物慢慢排出。
肉芽肿乳腺炎是一种比较特殊的非哺乳期炎症，发病原因目前还不是很明确，可能和腺液或腺泡中的一些类似乳汁的刺激物，引发起源于腺叶以及间质的速发快速免疫反应有关。肉芽肿乳腺炎如果不手术，平均病程大概是9-12个月，在一年之内多数人会愈合。除非合并一些杂菌感染，可能也会反复迁延不愈，甚至达到几年时间。