赖氨酸是人体必需氨基酸，它能够调解人体的代谢平衡，间接促使细胞中脂肪酸的合成，所以缺乏赖氨酸会影响中枢神经发育，可能引起小儿智力低下、反应迟钝。赖氨酸可以促进胃酸分泌，提高食欲和促进消化，如果缺乏赖氨酸会导致胃液分泌不足，引起小儿厌食、消化不良和营养不良性贫血。
赖氨酸有促进生长发育的作用，还能够提高钙的吸收及其在体内的积累，加速骨骼生长。如果缺乏赖氨酸，可能会导致小儿生长缓慢、骨骼发育异常，赖氨酸能增强机体免疫力，缺乏赖氨酸能导致人体抵抗力下降。