卓-艾综合征的根本治疗是手术切除产生胃泌素的肿瘤，对不能发现肿瘤及肿瘤不能完全切除者可用药物治疗，如肿瘤发生浸润和转移可用化疗药物。
一、药物治疗
1、质子泵抑制药：如奥美拉唑、兰索拉唑、洋托拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑，此类药物能有效地抑制胃酸分泌，其效果可持续超过24h。
2、H2受体拮抗药：常用药物包括西咪替丁、雷尼替丁和法莫替丁，H2受体拮抗药与抗胆碱能药物联合应用，可增加H2受体拮抗药减少胃酸分泌的疗效。
3、生长抑素：长效奥曲肽能抑制促胃液素的分泌，缓解症状，而且可干扰肿瘤细胞的生长，使瘤体缩小。长期应用亦可导致胆囊结石、腹泻等。
二、手术治疗
根治胃泌素瘤的方法是手术切除肿瘤，对于术前或术中探查不到肿瘤的患者可以性全胃切除术。除有手术禁忌症、拒绝手术及有多发转移者外，均应行手术治疗。手术治愈的标准为手术切缘阴性、正常空腹血清胃泌素水平正常、胰泌素刺激实验阴性、CT及SRS等影像学定位检查阴性。
三、化学药物治疗
胃泌素瘤对放疗和化疗不敏感，但对肿瘤不能切除或已有转移者，可行化疗。化疗适用于转移性恶性胃泌素瘤治疗，目前最佳化疗方案是阿霉素、5-FU和链脲霉素。