先天性食管憩室的主要病因尚不明确，与先天发育异常有关，好发于先天发育异常者。此外，目前孕期受到外力撞击和环境因素可能诱发先天性食管憩室。
一、主要病因
先天发育异常：目前的研究认为食管与气管共同起源于前肠，故初级前肠的异常发育是导致食管憩室的根本原因。增生中嵴的异常，导致气管食管分离障碍，从而发生气管食管畸形。咽气管沟的尾侧融合发生于妊娠第4周，此时咽气管从食管上逐渐分离出来，故推测诱发食管憩室的因素应当出现于妊娠第32天之前。可能与胎内压过高、食管血供异常、局部组织分化生长异常等因素有关
二、诱发因素
1、外力撞击：在妊娠第4周之前受到外力撞击可能导致胚胎发育异常，诱发先天性食管憩室。
2、环境因素：胚胎时期受到物理射线辐射或接触有毒物质可能导致胚胎发育异常，诱发先天性食管憩室。