1、自身免疫异常者：贲门失弛缓症患者存在自身免疫异常，发生自身免疫性疾病的比例明显高于一般人群，贲门失弛缓症患者的免疫相关疾病患病率亦明显高于胃食管反流病患者。研究证实，贲门失弛缓症患者血清中存在抗肌间神经的自身抗体。
2、病毒感染者：如单纯疱疹病毒、麻疹病毒、脊髓灰质炎病毒等，可通过分子拟态的调用介导损伤发生。
3、炎症患者：炎症过程导致了贲门失弛缓症发病过程中的食管壁内神经元损伤，大多数患者食管肠肌间神经丛存在炎症细胞浸润，以T细胞为主，其他尚有嗜酸性粒细胞、浆细胞、B细胞、肥大细胞、巨噬细胞等；肌间神经丛浸润的T细胞中有大量细胞毒性T细胞。