颈椎椎弓裂的病因暂不明确，可能与先天性畸形有关，或者是胎儿早期发育时，原始骨化的椎弓发育不全，在此畸形基础上发生轻微骨折所致。
一、主要病因
本病是主要由先天发育因素所致。胎儿早期，原始骨化的椎弓因某种因素导致形成不全或在此畸形基础上发生轻微骨折。随着年龄的增长，局部缺损越来越明显。由于颈椎上、下关节突前面直接与脊神经根相近，当该部发生退变、增生、不稳定时，可造成椎间孔变小并有刺激、压迫窦椎神经及脊神经的可能性，产生局部或根性症状，严重者产生脊髓压迫。
二、诱发因素
可能由于母亲的身体在外界暴力的作用下，导致胎儿在发育过程中，原本畸形的椎弓出现轻微骨折，进而发展为后来的颈椎椎弓裂。