小汗腺汗囊肿的治疗需要依据疾病类型和严重程度选择合适的治疗方式，多数患者选择激光和针刺治疗，辅助药物治疗，保守治疗无效者可手术治疗。本病易反复发作，需长期持续性治疗。
一、药物治疗
1、阿托品：属于抗胆碱能药物，可抑制汗液分泌，有一定的缓解皮肤损害的作用，但有口干、便秘、视物模糊等副作用，不宜长期使用。
2、东莨菪碱：属于抗胆碱药物，有扩张毛细血管、改善微循环以及抑制腺体分泌作用。禁用于青光眼、前列腺肥大、重症肌无力、严重心脏病、器质性幽门狭窄、胃肠道梗阻性疾病、反流性食管炎、溃疡性结肠炎或中毒性巨结肠患者。
二、手术治疗
囊肿切除术：适于单发的小汗腺汗囊肿患者，通过手术切除病变部位，但术后易复发，易出现皮肤瘢痕，一般不作为首选治疗。
三、其他治疗
1、针刺治疗：用针挑破皮损即可使汗液立即流出而使皮损消失，但以后容易复发，不适于多发性小汗腺汗囊肿患者。
2、激光治疗：采用超脉冲CO2激光治疗取得了较为理想的近期疗效，激光治疗通过破坏囊肿壁可防止再次复发，创伤小，不易留疤痕，目前应用较多。