脱发性毛囊炎需要与盘型红斑狼疮、假性斑秃、黄癣等疾病鉴别。
1、盘型红斑狼疮：呈持久性盘状红色斑片，多为圆形、类圆形或不规则形，大小有几毫米，甚至10毫米以上，边界清楚。皮疹表面有毛细血管扩张和灰褐色黏着性鳞屑覆盖，鳞屑底面有角栓突起，剥除鳞屑可见扩张的毛囊口。好发于面部、唇部、口内黏膜。
2、假性斑秃：头发成片脱落，初起时常仅1-2片，以后增多，可以分散或相融合，呈圆形、椭圆形或不规则形，直径一般为0.5-2cm。患处有清楚的边界，皮肤表面光滑并略凹陷，没有脓疱、鳞屑、痂或断发，有萎缩性瘢痕的表现而无斑秃的惊叹号状头发。
3、黄癣：由真菌感染所致，实验室检查可诊断。