常见的HIV抗病毒药物分为核苷类逆转录酶抑制剂，非核苷类逆转录酶抑制剂，蛋白酶抑制剂和整合酶抑制剂，不同的药物有不同的副作用。他们的共同点是都有可能引起恶心，腹泻等胃肠道反应，部分非核苷类逆转录酶抑制剂，还可以引起如眩晕、皮疹、失眠，多梦异常梦境，血脂升高。蛋白酶抑制剂不良反应则多表现为血脂异常和腹泻，整合酶抑制剂相对不良反应较少，通常为轻度的失眠和头痛。