肺部真菌感染时，患者可以出现不同程度的咳嗽咳痰的现象，患者可以咳出白色黏稠样拉丝痰，还可咳出脓性痰或者脓血性痰，部分患者可以发生咯血。有时患者可以出现胸痛、胸闷不适。患者多可以伴有发热的症状，可以为低热，亦可为高热。部分肺部真菌感染患者，特别是曲霉菌感染时，可以导致患者出现喘闷和呼吸困难。还要注意，少部分真菌感染患者可以无明显的临床症状，仅于体检时发现，特别是肺部隐球菌感染者。