先天性外胚层发育不良综合征尚缺乏特效疗法，主要以一般对症治疗为主，如物理降温，局部还可用药物治疗、口腔修复等，应根据患者的症状合适的治疗方法。多数患者的治疗周期为20~30天。
一、一般治疗
物理降温：对于出现发热的闭汗型患儿，夏季可给予空调、电扇等降低环境温度，遇有发热可敷以冷毛巾或以凉水冲洗，帮助散热、降温。要预防高热惊厥、传染病、呼吸道感染等。
二、药物治疗
1、石蜡油滴鼻剂：主要用于鼻腔咽喉干燥的患儿，可湿润鼻黏膜，不良反应少，对石蜡油过敏者禁用。
2、盐酸左氧氟沙星滴眼液：适用于本病引起的细菌性结膜炎、角膜炎患儿，对盐酸左氧氟沙星或其他喹诺酮类药物及本品任何组分过敏者禁用。
3、维生素A：适用于皮肤干燥患儿，与3%水杨酸软膏交替配合使用效果更佳，妊娠起初3个月内妇女及哺乳期妇女禁用，急性或亚急性皮炎，湿疹类皮肤病患者禁用。
4、3%水杨酸软膏：常与维生素A联合交替用药用于涂抹在皮损处，治理哦啊有本病引起的贫富干燥、粗糙，反复脱皮、脱屑等。对本药过敏者禁用。
三、手术治疗
先天性外胚层发育不良综合征导致的缺牙可及早行口腔修复治疗，如行种植固定义齿。
种植固定义齿：方式为在患儿口腔缺牙区的牙槽骨内植入种植体(人工牙根)，待种植体成活后，再在其上端制作修复体完成种植义齿的修复。它能显著地提高患儿的咀嚼功能，且感觉舒适类似真牙，许多常规义齿难以解决的疑难修复临床病例通过种植义齿能得到满意疗效。