原发性血小板增多症病程缓慢，许多患者长期无症状。本病的主要临床表现为出血和血栓形成，与其他骨髓增殖性疾病不同，发热、多汗、体重减轻等非常少见。
1、出血：自发性出血以鼻、口腔和胃肠道黏膜多见，泌尿道、呼吸道等部位也可有出血。脑出血偶有发生，可引起死亡。
2、血栓形成：在老年患者中易见到，年轻患者中较少见。动脉和静脉均可发生，但动脉血栓形成更多见。脑血管、脾血管、肠系膜血管和指、趾血管为好发部位。手指或脚趾血管阻塞可出现局部疼痛、灼烧感、红肿和发热，可发展成青紫或坏死。脑血管血栓形成常引起神经系统症状，暂时性脑缺血、视觉障碍、感觉障碍、头痛、头晕、失眠等常见，脑血管意外也有发生，肺血栓和心肌梗死均有发生。
3、脾大：体格检查约40%患者仅发现脾大，一般为轻度或中等度肿大，可发生脾萎缩和脾梗塞，淋巴结肿大罕见。