孢子丝菌病的病因是由申克孢子丝菌感染所引起，申克孢子丝菌为一种土壤、木材及植物的腐生菌。
孢子丝菌病主要通过损伤的皮肤或黏膜、上呼吸道或消化道而感染。系统感染可由皮肤型所引起，人与人之间甚少直接传播。当孢子丝菌由损伤处进入组织，即可引起局部化脓性病变。当机体抵抗力增强，损害局限于侵入部位附近者，即成固定型孢子丝菌病，有些沿淋巴管蔓延，呈带状分布，系皮肤淋巴管型孢子丝菌病，也有少数病例由血液循环播散全身，引起系统性孢子丝菌病。