小儿支原体肺炎采用综合治疗，原则上控制感染、改善通气、对症治疗，常用药物是阿奇霉素、红霉素及罗红霉素，个别患者还可以通过氧疗、雾化吸入治疗，治疗周期至少使用抗菌药物2~3周。
一、药物治疗
1、大环内酯类抗生素：治疗小儿支原体肺炎首选大环内酯类抗生素，常用药物有阿奇霉素、红霉素及罗红霉素等。症状轻者口服药物，症状重症静脉输液。用药期间注意观察不良反应，如出现过敏、消化道症状，遵医嘱在医生指导下更换药物。
2、调节免疫药物：对于起病迅速或难治性支原体肺炎的患者，可考虑使用糖皮质激素治疗，抑制过度炎症反应。如果合并神经系统病变、溶血性贫血、血小板减少性紫癜等疾病，可应用丙种球蛋白进行辅助治疗。
二、手术治疗
此病一般无需进行手术治疗。
三、其他治疗
1、氧疗：缺氧者给予鼻前庭导管吸氧，婴幼儿可给予面罩吸氧。
2、雾化吸入：雾化吸入有助于解除支气管痉挛和水肿，伴有呼吸衰竭应行气管插管以利于清除痰液，严重患者可短期使用机械通气。