宫颈妊娠的临床治疗方案是个体化治疗，但不同的治疗方法都有其优点和局限性，临床治疗中需要根据患者的妊娠周数、出血程度及生育状况等因素，拟定个体化的治疗方案，各种保守性治疗方法的联合使用成为宫颈妊娠的主要治疗手段，其治疗目的是为了减少出血及保留子宫。
一、药物治疗
宫颈妊娠属于异位妊娠的范畴，因此，治疗异位妊娠的药物和方案都可应用于宫颈妊娠患者。甲氨蝶呤是一种常用的抗肿瘤药物，是异位妊娠首选的治疗药物，可以全身用药和局部用药，包括超声引导下给药。局部用药时，可用小剂量的甲氨蝶呤局部注射，同时联合米非司酮、中药口服后配合清宫术，可获得较好的治疗效果，但推荐用于孕12周内，血HCG低于10U/L者。
二、手术治疗
1、清宫术：宫颈妊娠在早期明确诊断后，常需联合药物、宫颈局部压迫填塞、环扎或双侧髂内动脉结扎、子宫动脉介入栓塞等方法后采用清宫术治疗。对于急性出血者，清宫术虽能够快速止血，但对宫腔操作技巧要求较高，术中大出血率高。因此，对于病情稳定患者，可以行宫腔镜下清宫治疗。宫腔镜手术具有直视、无痛、微创的特点，可准确定位、清除妊娠组织，并电凝止血达到治疗的目的，保留了宫颈的完整性。
2、全子宫切除术：全子宫切除术是该病的根治疗法，目前此方法只适用于孕周较大、无生育要求的患者，或者上述保守治疗失败后难以控制的大出血，继发失血性休克时，为挽救患者的生命行全子宫切除术。
三、其他治疗
射频消融术(RFA)：RFA是近年来应用于临床的微创治疗新技术，它通过自凝刀将射频治疗源准确定点地介入到人体的局部病变部位，自动精确地控制其治疗功率、时间和治疗范围，通过热效应使局部病变组织蛋白发生凝固、坏死后再行清宫术，去除坏死组织。对于阴道流血少、血β-HCG值不高、妊娠囊小、无胎心搏动者，可单纯应用RFA治疗。另外，也可联合保守治疗手段进行，以达到最佳的治疗效果。