不同病原学感染的肺脓肿，患者的住院时间并不相同，平均2-4周。吸入性肺脓肿多是厌氧菌感染，青霉素对绝大多数厌氧菌都敏感，疗效也好，疗程相对也不会很长。军团菌肺脓肿可用大环内酯类或喹诺酮类抗生素，治疗时间大约在3-4周。巴斯德菌肺脓肿首选的是青霉素类和四环素类抗生素，但治疗时间要比军团菌肺脓肿时间略长一些。
放射性肺脓肿和诺卡菌肺脓肿的首选是磺胺类抗生素，免疫抑制剂的病人，平均疗程是六个月，而耐药性金黄色葡萄球菌，首选的是万古霉素、替考拉宁、利奈唑胺等，治疗时间也在1-1.5个月，甚至更久，而阿米巴虫感染的肺脓肿，则用甲硝唑治疗，疗程为6-8周，所以肺脓肿的住院时间与病原学、病人是否有基础疾病、是否出现并发症有关。