器械性食管损伤因内镜检查，食管扩张术及食管置管术等操作不慎所致。如果患者本身存在食管病变或颈部短宽、颈椎僵直、骨关节骨刺及不良的牙列等情况，会加大出现损伤的概率。
1、技术不熟练：食管镜检查发生的损伤多见于颈段食管，常是技术不熟练致穿孔。部位常发生在健康组织的咽后壁或咽食管憩室处。造成食管憩室处损伤的危害因素包括短宽的颈部、颈椎僵直、骨关节骨刺及不良的牙列。
2、应用硬质材料：操作中食管损伤穿孔率较高，多发生在环咽肌部位的食管壁，因为在咽部推进食管镜时要由垂直位改变到水平位，后方为椎体，造成压迫食管后壁及撕裂。
3、气管内插管及插双腔管时：亦可损伤环咽肌远端的食管后壁。气管套囊长期压迫食管亦可发生穿孔。
4、食管狭窄及贲门失弛缓症：应用扩张探条或气囊扩张可造成狭窄部或食管远端穿孔。气囊扩张造成的食管破裂先发生在肌层，后再有黏膜层的线形穿孔，用水银扩张器最安全，发生食管穿孔的危险性较低。扩张器进入太快或扩张次数太频繁，亦可使并发症发生率增高。每次扩张应间隔1～2周，每次扩张不超过3个号逐级扩张。
5、病变食管扩张：更易穿孔，如食管纤维化狭窄的程度及有无合并食管憩室或裂孔疝。避免食管在施行吸引活检后立即行扩张术，防止发生穿孔。