临床上如果女性患有巧克力囊肿，不及时治疗可能会导致月经不调、痛经、同房时疼痛，以及不孕不育等危害。如果巧克力囊肿的体积不是太大，患者没有任何异常情况，可以先进行观察，不会造成严重的影响，应定期检查。
巧克力囊肿又称子宫内膜异位症，随着时间的推移囊肿逐渐增大，由于囊肿的体积相对较大，并且会影响到周围的血管神经，及淋巴血液的回流。囊肿也会牵拉局部的皮肤黏膜的感觉神经，因此随着囊肿的增大，可能会发生蒂扭转以及破裂出血的可能，患者会出现急腹症，严重的会危及生命。巧克力囊肿的治疗有保守治疗和手术治疗，应根据患者年龄、病情，以及有无生育要求采取具体治疗措施。