明确消化不良者应分出亚型，以给予针对性治疗，治疗以缓解症状，提高患者的生活治疗为主要目的。
一、一般治疗
帮助患者认识、理解病情，改善生活习惯，避免烟、咖啡、酒及非甾体类抗炎药，让患者做到饮食和睡眠规律，同时调整患者心态。
二、药物治疗
1、根除幽门螺杆菌治疗：对幽门螺杆菌阳性的患者根除治疗是缓解消化不良症状的最有成本效益的治疗方法。
2、抑酸药：质子泵抑制剂和选择性H2受体拮抗剂适用于以上腹痛、烧灼感为主要症状者。
3、促胃肠动力药：可改善与进餐相关的上腹部症状，以上腹部饱胀、早饱、嗳气为主要症状患者常作为优先选用，常用多潘立酮、莫沙必利、盐酸伊托必利、西尼必利等。
4、精神心理治疗：抗抑郁药物作为二线治疗药物，常用的有三环类如阿米替林。此外，行为治疗、认知疗法和心理干预等也可试用。
三、手术治疗
该病无需手术治疗。