急性胰腺炎的炎症性质，可以为无菌性炎症，也可以是感染性炎症，炎症性质会影响抗生素的使用。目前学术界对于急性胰腺炎，是否应用抗生素治疗，一直存在争议。对于中重症胰腺炎和重症急性胰腺炎患者，在评估胰腺坏死范围的基础上，可酌情使用抗菌药物。若有胰腺外感染，如胆管炎、肺炎、尿路感染、菌血症、导管相关感染，应根据血培养或其他病原学证据选择抗菌药物。
近年来研究仍表明，预防性抗菌药物的应用，不能降低胰腺炎坏死、感染的风险，且会增加多重耐药菌及真菌感染的风险，故对于中重症急性胰腺炎和重症急性胰腺炎患者，不建议常规使用预防性抗菌药物。但对于特殊重症急性胰腺炎患者，如伴有广泛胰腺坏死及持续器官功能衰竭患者，预防性抗菌药物的应用可能有益，但仍需进一步研究来验证。