白细胞减少症的治疗主要是病因治疗、一般治疗及药物治疗，部分先天性疾病导致的白细胞减少可以做异基因骨髓移植。
一、一般治疗
1、白细胞计数在(1.0～1.5)×10^9/L范围的患者，应减少出入公共场所，注意保持皮肤和口腔卫生，一般不需要药物治疗。
2、粒细胞缺乏者应急诊收入院治疗，尽可能采取无菌隔离措施，防止交叉感染。
3、在致病菌尚未明确之前，可经验性应用覆盖革兰阴性菌和革兰阳性菌的广谱抗生素治疗，待明确病原后再调整用药，如3～5天无效，可加用抗真菌治疗。
4、病毒感染可加用抗病毒药物。静脉用免疫球蛋白有助于重症感染的治疗。
二、药物治疗
1、造血细胞因子的使用：包括粒细胞集落刺激因子和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子，短期应用疗效确切，可缩短白细胞缺乏的时间，促进白细胞增生和释放，并增强其趋化、吞噬杀菌功能。常见副作用有发热、肌肉骨骼酸痛、皮疹等。
2、免疫抑制剂：自身免疫性白细胞减少和免疫介导机制所致的粒细胞缺乏，可用糖皮质激素等免疫抑制剂治疗。其他原因引起的白细胞减少，则不宜使用。
3、其他升白细胞药物：目前临床上应用的有B族维生素、鲨肝醇、利血生、雄激素等，但缺乏肯定及持久的疗效。
三、手术治疗
异基因骨髓移植适用于先天性白细胞减少症和先天性造血衰竭综合征的治疗，Felty综合征和脾功能亢进可选用脾切除治疗。