原则上讲单纯用甲硝唑凝胶不能治疗黑头，甲硝唑是消炎药，通过阻碍细菌的代谢起到杀菌的作用。黑头的形成是因为青春期代谢旺盛，皮脂腺分泌大量的油脂。
另外一方面是因为毛囊周围细胞角化异常，以及毛囊口变小、狭窄、堵塞，从而导致分泌的油脂无法排出，油脂就像淤泥一样堵塞在毛囊口，就可以形成看得见的白头粉刺或者黑头粉刺。如果在黑头粉刺的基础上，进一步感染丙酸棒状杆菌后发生炎症，出现红色的丘疹、脓疱、酒糟鼻、红斑等等，这时可以用甲硝唑凝胶来治疗。