消化不良的病因和发病机制极为复杂，至今未完全阐明，与胃肠动力、内脏感觉异常、黏膜完整性破坏、低度炎症、免疫激活、脑-肠轴调节异常相关。
1、胃肠运动功能障碍：1/3患者有胃排空延缓，1/3患者有胃容受性障碍，并与早饱症状有关，更易出现上腹疼痛和嗳气。
2、内脏感觉异常：胃十二指肠对扩张或酸、脂质等化学物质腔内刺激的敏感性增高。
3、幽门螺杆菌感染：根除幽门螺杆菌后有部分消化不良患者症状得到改善。
4、心理社会因素：精神、心理因素可能是重要病因，中枢神经系统对内脏的高敏感性在发病中起到重要作用。
5、胃肠激素紊乱和脑-肠轴功能障碍：胃肠激素如胃动素、胃泌素及P物质等，可能涉及消化不良的病理生理机制。
6、十二指肠低度炎症、黏膜通透性：感染、应激、十二指肠酸暴露可引起十二指肠黏膜炎症和通透性改变，黏膜屏障受损。
7、环境因素：　常常由于处在一个新的环境中，无法适应，就容易造成患者出现应激性的消化不良。