核酸检测本身不会给受检者带来不适反应。核酸检测过程中，如用咽拭子取样为无创操作，通常不会有不适反应。若取血液样本，采血过程中可能会应穿刺而有轻微疼痛感，但绝大多数人均可耐受。
如果患者本身存在一些生理性问题，比如晕血患者，在采血时可能会晕倒；对于对咽喉刺激比较敏感的，在采集咽拭子标本时可能会出现恶心、干呕的表现。