治疗蛲虫病最佳的药物是阿苯达唑，阿苯达唑属于苯唑类的抗菌药物，副作用较少，口服一次，两周以后再重复一次，治愈率几乎可以达到100%。药物主要是通过影响葡萄糖的摄取，导致糖原耗竭，最终导致虫体死亡，同时也有杀灭虫卵的作用。
甲苯达唑也是苯唑类的药物，抗菌效果也较好，治愈率也可以达到95%以上。治疗蛲虫还可以应用百部、槟榔等中药制成驱蛲汤，有效率可以达到95%以上。如果肛门周围出现红肿、瘙痒，可以应用蛲虫膏涂抹于肛门周围，具有杀虫和止痒的双重效果。治疗蛲虫还有广谱药物，如伊维菌素，但是不如阿苯达唑效果好，副作用少。