急性甲状腺炎和亚急性甲状腺炎二者的区别如下：
1、病原体有区别，急性甲状腺炎是一种非特异性感染性炎症，是由细菌、真菌、病毒或寄生虫感染所致。亚急性甲状腺炎又称亚急性肉芽肿性甲状腺炎，与各种病毒感染有关。
2、急性甲状腺炎多见于中年女性，发病前1-2周多有上呼吸道感染病史，而亚急性甲状腺炎起病前1-3周有病毒感染史。
3、急性甲状腺炎起病急，全身有中毒症状，伴有寒战、高热、白细胞高，甲状腺肿大伴有红、肿、热、痛。亚急性甲状腺炎有发热，伴有甲状腺疼痛。同时经化验室检查，亚急性甲状腺炎分甲状腺毒症期、甲减期和恢复期。
4、治疗上有区别，急性甲状腺炎需要使用抗生素抗炎治疗，伴有脓肿的需经外科将甲状腺脓肿切开排脓治疗。而亚急性甲状腺炎有自限性，轻型的可口服非甾体类抗炎药，如布洛芬口服治疗，中重型的可以给予激素，如泼尼松治疗。