艰难梭菌感染的症状表现突出的是消化道症状，表现为排便次数增多，可以达到3次以上10次以下，但少数患者也可以达到10余次。患者大便性状有所改变，可以表现为稀便，也可以表现为水样便，有些患者也可以排黏液便。如果患者病情加重，出现了伪膜性肠炎，大便当中还可以见到膜状物。
有些患者可以伴有腹痛，但并不是所有的患者均会出现腹痛，部分患者可以出现恶心、呕吐，出现食欲减退。如果患者病情逐渐加重，还可以出现全身症状，表现为发烧，既可以是低烧也可以是高烧，可以出现全身倦怠、乏力、头疼，全身关节、肌肉酸痛等全身感染中毒症状。但通常全身症状只见于病情稍微偏重的患者，一般患者仅表现为消化道的局部症状。