会厌囊肿的手术是一个常规的手术，也并不算一个非常小的手术。会厌囊肿的手术是需要在全麻下进行的，一般在全麻下通过支撑喉镜暴露咽腔和喉腔，在显微镜下可以通过冷器械或者是二氧化碳激光，以及等离子等方式进行手术的切除。
会厌囊肿并不是所有患者都需要进行手术治疗，有些会厌囊肿很小，也没有引起任何的症状，可能长期内都没有太大的变化，这样的会厌囊肿是暂时不需要处理的。但会厌囊肿很大，引起了异物感或者是影响到吞咽、呼吸，可以通过手术进行完整的切除。