大多数穴位均可以进行艾灸。常用穴位有天突、膻中、中脘、天枢、气海、关元、水道、归来、子宫、定喘、肺俞、脾俞、胃俞、大肠俞、志室、命门、神俞、八髎、曲池、足三里、三阴交、太溪、涌泉、至阴等。艾灸的时候常常三五个穴位配合使用以增加疗效。如哮喘、咳嗽可灸天突、膻中、肺俞、定喘；消化不良、胃脘胀痛、嗳气呃逆灸中脘、足三里、脾俞、胃俞；下元虚冷常灸神阙、气海、关元等。