1、实验室检查：伴发肾损害的系统性血管炎可出现尿常规异常，表现为血尿、蛋白尿及管型尿。胃肠道受累时可有隐血试验阳性。血清免疫球蛋白测定，在感染及自身免疫状态下血清免疫球蛋白水平升高，韦格纳肉芽肿中可见IgA值升高。
2、病理检查：受累部位的病理活检仍然是确诊韦格纳肉芽肿最重要和必需的方法，普通病理及免疫病理皆对本病诊断具有重要价值。
3、胸部影像学：本病的胸部X线表现特点可总结为三多一洞，即多形态、多变化、多部位、有空洞。胸部CT主要表现为肺内多发性结节及空洞形成，结节形成早期密度较淡，边缘欠清楚，周围可有细长刺状突起，近胸膜侧有胸膜凹陷征。需注意，多发性结节伴空洞形成并非韦格纳肉芽肿病所特有，还可见于转移瘤、血源性肺脓肿及多发性结核球等。
4、中性粒细胞胞浆抗体(ANCA)：间接免疫荧光法检测发现中性粒细胞胞浆抗体分为两种类型，即核周型和胞浆型，其中与韦氏肉芽肿病相关的主要是胞浆型。