自身免疫性肠炎在临床上比较少见，由于病因机制不明，所以治疗起来比较复杂。有时候病情出现反复发作、迁延不愈，患者会呈现慢性腹泻的表现，而且大部分患者都会出现比较虚弱、营养不良的状态。
在治疗上一般是激素治疗、免疫抑制剂治疗或生物制剂治疗这三种方式，在临床上最常见的还是应用一些免疫抑制剂的治疗。因为自身免疫性肠炎主要是免疫系统问题造成，所以免疫抑制剂治疗在临床上采取的比较多。